Shim-Pack色譜柱清洗的溶劑選擇： 陽離子交換柱可用稀酸緩沖液沖洗，陰離子交換柱可用稀堿緩沖液沖洗，除去交換性能強的鹽，然后用水、甲醇、二氯甲烷(除去吸附在固定相表面的有機物)、甲醇、水依次沖洗。保存色譜柱時應將柱內充滿乙腈或甲醇，柱接頭要擰緊，防止溶劑揮發干燥。禁止將緩沖溶液留在柱內靜置過夜或更長時間。
色譜柱使用過程中，如果壓力升高，一種可能是燒結濾片被堵塞，這時應更換濾片或將其取出進行清洗;另一種可能是大分子進入柱內，使柱頭被污染;如果柱效降低或色譜峰變形，則可能柱頭出現塌陷，死體積增大。在后兩種情況發生時，小心擰開柱接頭，用潔凈小鋼將柱頭填料取出1~2mm高度(注意把被污染填料取凈)再把柱內填料整平。然后用適當溶劑濕潤的固定相(與柱內相同)填滿色譜柱，壓平，再擰緊柱接頭。這樣處理后柱效能得到改善，但是很難恢復到新柱的水平。
在選擇Shim-Pack色譜柱之前，需要先了解樣品和雜質的類型結構、極性、酸堿性、分子量大小等等。
1.樣品是極性的且弱酸性的;就可以選擇C18在酸性水溶液條件下檢測，即要選擇承受100%純水且對極性化合物保留很好的色譜柱
2. 如果樣品極性太強，或酸性太強;可以選擇CN，NH2，或硅膠柱，親水色譜，也有使用C18+強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱(缺點是離子對試劑平衡時間長，對流動相pH要求比較精密，否 則很難重復實驗，另外離子對試劑很難洗下來，基本上用了離子對的色譜柱就不能再用于其它實驗)
3. 若樣品是堿性的;可選擇高純硅膠柱或一些經過修飾的C18柱，他們都會減少堿性化合物的拖尾，一般會選擇中性或偏堿的條件下做，因為這樣可增加堿性樣品的保留
4.如果堿性化合物的極性太強，或堿性太強;可以選擇寬pH的C18色譜柱在高pH值檢測或者選用HILIC色譜柱選擇強離子交換柱，也有使用強陰離子對試劑或強陰離子交換色譜柱。
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